Så länge man inte gör det på professionell nivå är det bara att ta det man föredrar, inga dramatiska skillnader. Linux tar mindre ram och alla skitprogram som windows kör i bakgrunden innebär att Linux presterar bättre. Ubuntu är dessutom inte designad för servrar, men det är förstås snabbare än windows.
Apache är en webbserver, förstår inte varför du tar upp det här.