Det som ofta är fel i IE...
Är att t ex margin-left och padding-left fördubblas om man samtidigt använder float: left.
Du kan förhindra att detta händer genom att låta hemsidan visas i XHTML Strict mode.
Klistra in denna högst upp i din kod:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
Även om jag har missförstått ditt problem är det ända bra att ange en doctype, det förhindrar att sidan tolkas fel i olika webläsare.